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呼吸系统样本的 RNA-seq 数据分析极大地促进了我们对肺部疾病的理解。然而,bulk RNA-seq 数据同时依赖于这些样本的细胞类型组成及其组成细胞的转录活性,这使得结果解释变得复杂。细胞类型去卷积常被用于估计 bulk 转录组基因表达数据中的细胞类型比例,从而改善对 bulk 转录组学数据的解释。然而,去卷积后所报告的估计细胞类型比例的准确性尚不清楚,这可能会对所得结论的有效性产生负面影响。在此,我们提出 UnBlender,这是一条使呼吸系统科学家能够进行细胞类型去卷积并常规评估其方法去卷积准确性的流程。UnBlender 允许根据具体研究问题开展定制化的细胞类型去卷积,使用一致的细胞类型标签,并对方法进行验证,以促进获得准确且可重复的结果。
UnBlender:验证呼吸系统 bulk RNA-seq 细胞类型去卷积中的个体分析 | bioRxiv
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UnBlender:验证呼吸系统 bulk RNA-seq 细胞类型去卷积中的个体分析
查看 ORCID 个人资料 Tessa E Gillett , 查看 ORCID 个人资料 Maarten van den Berge , 查看 ORCID 个人资料 Martijn C Nawijn , 查看 ORCID 个人资料 Gerard H Koppelman
doi: https://doi.org/10.64898/2026.06.01.727709
Tessa E Gillett 1 格罗宁根大学,格罗宁根大学医学中心,病理学与医学生物学,GRIAC 研究所,荷兰格罗宁根; 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方,其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 提供。
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发布于 2026 年 6 月 4 日。
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UnBlender:验证呼吸系统 bulk RNA-seq 细胞类型去卷积中的个体分析 Tessa E Gillett , Maarten van den Berge , Martijn C Nawijn , Gerard H Koppelman
bioRxiv 2026.06.01.727709; doi: https://doi.org/10.64898/2026.06.01.727709
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bioRxiv 2026.06.01.727709; doi: https://doi.org/10.64898/2026.06.01.727709
📄 原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.01.727709v1?rss=1
🏷️ bulk RNA-seq 细胞类型去卷积 呼吸系统 转录组分析 方法验证 单细胞参考