TabularQual：一种用于在 SBML-qual 中标注和整理逻辑模型的基于电子表格的格式

逻辑模型被广泛用于研究调控与信号传导系统，然而，它们在不同工具之间的复用、注释和交换仍然面临挑战。尽管 SBML Level 3 Qualitative Models（SBML-qual）提供了一种标准化表示，但其基于 XML 的语法难以直接检查和编辑。本文介绍了 TabularQual——一种基于电子表格、由社区驱动的布尔及多值逻辑模型表示方式，以及一种在电子表格与 SBML-qual 之间进行双向转换的转换器。该转换器既可通过程序化方式访问，也可通过 Web 界面使用，以支持多样化的用户工作流程。我们进一步描述了两种集成策略，使现有建模工具能够支持 TabularQual：一种通过 SBML-qual 交换实现，另一种通过直接支持实现。基于 Stress Knowledge Map 和 CaSQ 的案例研究表明，这种集成能够支持模型的构建、整理和复用。TabularQual 在人类可读的模型表示与标准化的可执行格式之间提供了一座实用桥梁，从而支持可重复性、互操作性以及社区驱动的模型开发。

逻辑模型被广泛用于研究调控与信号传导系统，然而，其在不同工具之间的复用、注释和交换仍然面临挑战。尽管 SBML Level 3 Qualitative Models（SBML-qual）提供了标准化表示，但其基于 XML 的语法难以直接检查和编辑。本文在此提出 TabularQual，这是一种基于电子表格、由社区驱动的布尔和多值逻辑模型表示方式，并配套提供了电子表格与 SBML-qual 之间的双向转换器。该转换器既可通过编程方式访问，也可通过 Web 界面使用，以支持多样化的用户工作流程。我们进一步描述了两种集成策略，使现有建模工具能够与 TabularQual 协同工作，即通过 SBML-qual 交换或通过直接支持的方式。基于 Stress Knowledge Map 和 CaSQ 的案例研究表明，这种集成支持了模型的构建、整理与复用。TabularQual 在人类可读的模型表示与标准化可执行格式之间提供了一种实用桥梁，从而支持可重复性、互操作性以及社区驱动的模型开发。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.31.727710v1?rss=1

🏷️ SBML-qual 逻辑模型 电子表格格式 模型注释 互操作性 可重复性