POCKET-seq实现了在CRISPR干扰实验中对dCas9-KRAB介导的靶向与脱靶转录调控事件进行全基因组范围的分析

CRISPR干扰筛选利用与抑制结构域融合的催化失活型dCas9，在转录组水平实现遗传扰动。对结果的解释涉及鉴定与筛选表型相关的向导RNA，随后进行二级分析。 在遗传筛选的验证过程中，我们观察到针对同一基因的非重叠向导RNA产生了不同的表型。在此，我们开发了POCKET-seq，用于在全基因组范围内绘制dCas9的结合位点。我们表明，脱靶结合经常发生，并且当其出现在与筛选表型相关基因的启动子附近时，会产生假阳性相互作用。POCKET-seq利用基因本体论对这些假阳性和真阳性相互作用进行分类。

CRISPR干扰筛选采用与抑制结构域融合的催化失活型dCas9，以实现转录组水平的遗传扰动。对结果的解读包括鉴定与筛选表型相关的向导RNA，随后进行二级分析。

在对一项遗传筛选进行验证的过程中，我们观察到针对同一基因的非重叠向导RNA产生了不同的表型。在此，我们开发了POCKET-seq，用于在全基因组范围内定位dCas9的结合。我们表明，脱靶结合经常发生，并且当其出现在与筛选表型相关基因的启动子附近时，会产生假阳性相互作用。POCKET-seq利用基因本体论对这些假阳性和真阳性相互作用进行分类。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.01.729390v1?rss=1

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