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摘要 背景。结核分枝杆菌宿主体内遗传异质性具有生物学和临床信息价值，但基于短读长全基因组测序对其进行检测，依赖于对测序深度（DP）、替代等位基因支持数（AD）和次要等位基因频率（MAF）所设定的阈值，而这些阈值很少具有经验性的锚定依据。 方法。我们开发了一种以生物学重复为锚定、采用词典序校准的单样本宿主体内单核苷酸变异（iSNV）检测框架。在一个治疗前结核病（TB）队列中，对患者体内重复痰样本对在联合（DP、AD、MAF）网格上的六项一致性指标进行了评分；该选择器对无信号区域进行惩罚，并依据可重复性对各网格单元进行排序，在出现并列时以敏感性作为决胜标准。通过对重复样本对进行B=1,000次非参数自助法重采样，量化选择稳定性，并据此定义了宽松/主要/更严格的敏感性层级。将校准后的规则应用于97例患者提供的282份培养痰标本。 结果。基于来自67例患者的169对重复样本进行校准后，确定主要单元为DP[≥]60x、AD[≥]3、MAF[∈][0.02, 0.50]。在703次成功重复中，自助法模态单元有45.7%与主要单元一致（MAF = 0.02占100%；AD = 3占90.2%）。在主要层级下，每位患者可检测到宿主体内多样性的患病率为16.5%（16/97，Wilson 95%置信区间：10.4%–25.1%）；宽松和更严格层级得到的比率相近。 结论。患者体内重复样本一致性为TB全基因组测序中iSNV检测阈值提供了可重复的经验性锚定依据。该框架经过内部校准，并以明确的敏感性层级进行报告。校准后的规则可应用于外部队列，作为对其可迁移性的直接检验。
摘要 背景。结核分枝杆菌宿主体内遗传异质性具有生物学和临床信息价值，但基于短读长全基因组测序对其进行检测，依赖于测序深度（DP）、替代等位基因支持数（AD）和次要等位基因频率（MAF）的阈值，而这些阈值很少有经验性依据。
方法。我们开发了一种以生物学重复为锚定、按字典序校准的针对单个样本的宿主体内单核苷酸变异（iSNV）检测框架。在一个治疗前结核病（TB）队列中，对患者体内配对的重复痰样本在联合（DP、AD、MAF）网格上依据六项一致性指标进行评分；该选择器对无信号区域进行惩罚，并按照可重复性对各网格单元进行排序，在出现并列时以敏感性作为决胜标准。通过对重复样本对进行B=1,000次非参数自助法重采样来量化选择稳定性，并据此定义了较宽松/主要/较严格的敏感性阶梯。随后将校准后的规则应用于97例患者提供的282份培养痰样本。
结果。基于来自67例患者的169对重复样本进行校准后，确定主要单元为DP[≥]60x、AD[≥]3、MAF[isin][0.02, 0.50]。在703次成功重复中，自助法众数单元有45.7%与主要单元一致（其中MAF = 0.02的比例为100%；AD = 3的比例为90.2%）。在主要层级下，患者层面可检测到宿主体内多样性的患病率为16.5%（16/97，Wilson 95%置信区间：10.4%–25.1%）；较宽松和较严格层级得到的比率相近。
结论。患者体内重复样本的一致性为结核病全基因组测序中iSNV检测阈值提供了可重复的经验性锚点。该框架经过内部校准，并以明确的敏感性层级进行报告。校准后的规则可应用于外部队列，以直接检验其可迁移性。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.27.727477v1?rss=1
🏷️ 结核分枝杆菌 全基因组测序 宿主体内变异 iSNV检测 重复样本校准 阈值优化