利用 CloneSearch 从纵向受体库测序中无偏识别应答性 T 细胞克隆

T细胞在与其同源抗原相互作用后会被激活并发生扩增，这些抗原来源于病原体或突变蛋白。T细胞克隆可通过其T细胞受体（TCR）加以识别，后者可作为一种独特的条形码来追踪其扩增。纵向TCR测序可用于追踪T细胞对大量不同刺激的应答。 然而，实验性鉴定感兴趣的T细胞克隆具有挑战性，尤其是在缺乏驱动抗原信息的情况下。基于克隆动态的计算鉴定是一种不依赖抗原信息的替代方法。然而，该方法易受测序噪声和生物学变异的影响，并且依赖于所选取的特定时间点之间的比较，以识别扩增和收缩的克隆。 我们提出了CloneSearch，这是一种基于纵向TCR测序识别扩增和收缩T细胞克隆的方法，该方法不依赖于刺激发生的时间，并且能够考虑这些克隆所受噪声的影响。我们表明，CloneSearch能够从已发表数据中重现先前已鉴定的应答，并进一步拓展分析，显示其能够从这些相同数据集中识别出先前未被检测到的应答。我们已将CloneSearch公开发布于 https://github.com/mm523/CloneSearch。

T细胞在与其同源抗原（来源于病原体或突变蛋白）相互作用后会被激活并发生扩增。T细胞克隆可通过其T细胞受体（TCR）进行识别，后者可作为一种独特的条形码来追踪其扩增。纵向TCR测序可用于追踪T细胞对大量不同刺激的应答。

然而，实验性鉴定目标T细胞克隆具有挑战性，尤其是在缺乏驱动抗原信息的情况下。基于克隆动态的计算鉴定是一种不依赖抗原信息的替代方法。然而，这种方法会受到测序噪声和生物学变异的影响，并且依赖于所选择的特定时间点之间的比较，以识别扩增和收缩的克隆。

我们提出了CloneSearch，这是一种基于纵向TCR测序识别扩增和收缩T细胞克隆的方法；该方法不依赖于刺激发生的时间，并且能够考虑这些克隆所受到的噪声影响。我们表明，CloneSearch能够从已发表数据中重现先前已鉴定的应答，并进一步扩展分析，展示了在相同数据集中对先前未检测到的应答的识别。我们已在https://github.com/mm523/CloneSearch提供CloneSearch。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.29.728700v1?rss=1

🏷️ T细胞受体测序 纵向受体库 T细胞克隆 克隆动态分析 CloneSearch 应答性克隆识别