罕见的 RNA 聚合酶 II 失效模式标记出受表观遗传扰动影响最显著的癌症驱动基因

RNA聚合酶II（Pol2）通过一个复杂的生命周期转录基因（起始、停滞、延伸、共转录剪接、终止和再循环）。在化学扰动前后对Pol2进行染色质免疫沉淀的研究表明，启动子近端的积累（停滞）是全基因组范围内转录过程中的关键步骤。然而，Pol2反应的完整图景尚未得到充分表征。 在此，我们提出了一种用于比较Pol2活性状态转变（Pol2 Activity State Shifts, compPASS）的工具，这是一条计算分析流程，利用成对的基于ChIP的方法所得数据，在不同形式的扰动条件下，根据Pol2反应将基因归类为八种不同模式之一。在多种癌症类型和药物处理背景中，我们表明，compPASS能够识别此前未被描述的Pol2失效模式，这些模式对基因调控具有重要意义。 通过超越对停滞的关注，compPASS揭示了Pol2的失效模式（堵塞、进入、获得、丧失），这些模式虽然罕见，却能够精准定位在治疗应答中与癌细胞状态变化最相关的基因，从而将单组配对的Pol2 ChIP-seq转化为转录状态转变的机制图谱。

RNA聚合酶II（Pol2）通过一个复杂的生命周期转录基因（起始、暂停、延伸、共转录剪接、终止和再循环）。在化学扰动前后对Pol2进行染色质免疫沉淀的研究已表明，启动子近端积累（暂停）是全基因组范围内转录过程中的关键步骤。然而，Pol2响应的完整图景尚未得到充分表征。在此，我们引入了一种用于比较Pol2活性状态转变（Pol2 Activity State Shifts, compPASS）的工具，这是一条计算流程，利用配对的基于ChIP的方法所得数据，在不同形式的扰动条件下，根据Pol2的响应将基因归类为八种不同模式之一。

在多种癌症类型和药物处理背景中，我们表明，compPASS能够识别此前未被描述的Pol2失效模式，这些模式对基因调控具有重要意义。通过超越对暂停的关注，compPASS揭示了Pol2的失效模式（堵塞、进入、获得、丧失）；这些模式虽较为罕见，却能够精准定位在治疗应答过程中与癌细胞状态变化最相关的基因，从而将一次成对的Pol2 ChIP-seq转化为一幅转录状态转变的机制图谱。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.28.728581v1?rss=1

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