ERGA-BGE 伊比利亚革蜱及其专性弗朗西斯菌内共生体参考基因组：一项用于“同一健康”研究的基因组资源

Hyalomma lusitanicum 是西地中海地区的一种特征性蜱种，在伊比利亚半岛具有明确且稳定的分布。该物种与野生有蹄类动物，尤其是马鹿，以及家畜密切相关，并可向这些宿主传播多种病原体，包括病毒、细菌和原生动物。在此，我们提出了 H. lusitanicum 的三种基因组资源：支架尺度的核基因组、完整的线粒体基因组，以及其相关 Francisella 细菌内共生体的完整基因组。 该核基因组组装全长 1.81 Gb，由 59 个支架组成，支架 N50 为 153.6 Mb（L50 = 5），且不存在缺口，表明其具有较高的连续性和完整性；其基因注释完整性 BUSCO 评分为 97.1%。对核基因组组装的注释鉴定出 20,638 个蛋白质编码基因、1,422 个非编码基因以及 5,775 个假基因。共有 18 个支架被组装为推定染色体，超过了推断为祖先状态的 11 条染色体；然而，共线性分析表明，若干支架很可能代表同一染色体的断裂片段，这可能是由于 Hi-C 支架构建不完整所致。尽管如此，该组装仍代表了迄今为止最完整的蜱类核基因组之一。 此外，我们还报道了一个 Francisella 内共生体的完整基因组（1.51 Mb，1,679 个基因），其特征为具有较高比例的假基因和缩小的基因组大小，这与专性共生相关的基因组缩减模式一致。总体而言，这些基因组资源为研究局域适应和宿主—共生体进化提供了框架，并有助于支持针对具有公共卫生重要性物种的更优监测、防控与管理策略。

Hyalomma lusitanicum 是西地中海地区的一种典型蜱种，在伊比利亚半岛具有明确且稳定的分布。该物种与野生有蹄类动物，尤其是马鹿，以及家畜密切相关，并可向这些宿主传播多种病原体，包括病毒、细菌和原生动物。在此，我们提供了 H. lusitanicum 的三项基因组资源：支架水平的核基因组、完整的线粒体基因组，以及其相关 Francisella 细菌内共生体的完整基因组。

该核基因组组装总长为 1.81 Gb，由 59 个支架组成，支架 N50 为 153.6 Mb（L50 = 5），且无缺口，表明其具有较高的连续性和完整性；其基因注释完整性 BUSCO 评分为 97.1%。对该核基因组组装的注释共鉴定出 20,638 个蛋白编码基因、1,422 个非编码基因和 5,775 个假基因。共有 18 个支架被组装为推定染色体，高于推断的 11 条祖先染色体；然而，共线性分析表明，其中若干支架很可能代表同一染色体的断裂片段，这可能是由于 Hi-C 支架构建不完整所致。尽管如此，该组装仍是迄今已构建的最完整的蜱类核基因组之一。

此外，我们还报道了一个 Francisella 内共生体的完整基因组（1.51 Mb，1,679 个基因），其特征为假基因比例较高且基因组大小缩减，这与专性共生相关的基因组缩减模式一致。总体而言，这些基因组资源为研究局部适应和宿主—共生体协同进化提供了框架，并有助于支持针对具有公共卫生重要性物种的更优监测、防控与管理策略。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.27.728183v1?rss=1

🏷️ 蜱基因组 弗朗西斯菌内共生体 参考基因组 宿主-共生进化 同一健康