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转录终止子是界定 RNA 并调控下游基因表达的普遍标志，然而界定其功能的序列规则仍未明晰。经典的细菌内在终止模型——由一个 RNA 发夹结构后接一段富含尿嘧啶的序列区段组成——并不完整，因为即使保持茎部结构的突变也可能消除终止作用。通过对 10^4 个序列中的终止位点进行精确定位，我们揭示了一种此前未被解析、却为内在终止所必需的特征：位于转录泡两侧边缘的二核苷酸，其类似于 RNA 聚合酶的基本停顿信号。发夹结构、U-rich 序列区段以及转录泡边缘序列（HUB）共同解释了终止效率中的大部分变异，并能够在多样化的细菌门类中精准识别真正的终止子。这些发现确立了 HUB 作为内在终止子的定义性要素，并为跨基因组解析和工程化调控基因表达提供了框架。
转录终止子是界定RNA边界并调控下游基因表达的普适性标志，然而定义其功能的序列规则仍然难以明确。细菌内在终止的经典模型——由一个RNA发夹结构后接一段富含尿苷的序列——并不完整，因为即使保持茎部结构不变的突变也可能消除终止作用。通过对10^4个序列中的终止位点进行精确定位，我们发现了此前尚未解析的、内在终止所必需的一个特征：位于转录泡两侧边缘的二核苷酸，其特征类似于RNA聚合酶基本停顿信号。发夹结构、U富集区以及转录泡边缘序列（HUB）共同解释了终止效率的大部分变异，并能够在多样化的细菌门类中准确识别真正的终止子。这些发现确立了HUB作为内在终止子的定义性要素，并为跨基因组解析和工程化调控基因表达提供了理论框架。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.29.728758v1?rss=1
🏷️ 内在转录终止 RNA聚合酶停顿 转录调控 细菌基因表达 终止子序列特征
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