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组学技术正日益被整合到新一代风险评估中，然而，定量毒物基因组学结果仍然高度依赖于分析选择，这促使人们系统评估生物信息学工作流程如何影响危害表征和转录组学出发点（tPOD）。在本研究中，我们将五种独立的转录组学分析流程应用于同一共享数据集，该数据集来自暴露于顺铂不同浓度和多个时间点下的 RPTEC-TERT1 肾细胞，并比较了预处理、基准浓度建模以及基于通路的解释策略所产生的影响。 在各个工作流程之间，基因水平基准浓度（BMC）表现出显著变异，这种变异主要由标准化、过滤，尤其是所使用的建模软件差异所驱动。尽管存在这种变异，但随着转录响应在较晚时间点增强，不同流程间的一致性也有所提高，其中 24 h 在基因水平上始终被确定为最敏感的时间点。将基因水平 BMC 聚合为基于通路的指标后，变异有所降低但并未消除，其中通路定义成为决定敏感性估计的主要因素。值得注意的是，不同通路资源之间的基因重叠极少，而较小且具有生物学一致性的基因集（例如共表达模块和生物标志物面板）与更广泛的通路注释相比，产生了更低且离散程度更小的 BMC。此外，与基于中位数的聚合方法相比，对通路活性评分进行直接建模会产生系统性不同的敏感性估计，而这种方法依赖性的保守性则受到通路覆盖范围和响应强度的影响。 总体而言，我们的研究结果表明，分析工作流程设计和通路选择都会关键性地塑造源于毒物基因组学的效力估计，凸显了采用协调一致且透明的方法学的必要性，以支持转录组学在化学品安全评估和监管决策中的稳健应用。
组学技术正日益被整合到新一代风险评估中，然而，定量毒理基因组学结果在很大程度上仍依赖于分析选择，这促使人们系统评估生物信息学工作流程如何影响危害表征和转录组学出发点（tPOD）。在本研究中，我们将五种独立的转录组学分析流程应用于同一共享数据集，该数据集来源于暴露于不同顺铂浓度和多个时间点条件下的 RPTEC-TERT1 肾细胞，并比较了预处理、基准浓度建模以及基于通路的解释策略所产生的影响。
在不同工作流程之间，基因水平的基准浓度（BMC）存在显著变异，这种变异主要由归一化、过滤，尤其是所使用建模软件的差异所驱动。尽管存在这种变异，但随着转录响应在较晚时间点增强，不同流程之间的一致性有所提高；在基因水平上，24 h 始终被识别为最敏感的时间点。将基因水平 BMC 聚合为基于通路的指标后，变异性有所降低，但并未完全消除，其中通路定义成为决定敏感性估计的一个主要因素。
值得注意的是，不同通路资源之间的基因重叠极少，而较小且具有生物学一致性的基因集（例如共表达模块和生物标志物面板）与更广泛的通路注释相比，产生了更低且离散程度更小的 BMC。此外，与基于中位数的聚合方法相比，对通路活性评分进行直接建模所得的敏感性估计在系统上存在差异，而这种由方法决定的保守性受到通路覆盖度和响应强度的影响。总体而言，我们的研究结果表明，分析工作流程设计和通路选择都会关键性地塑造来源于毒理基因组学的效力估计，这凸显了采用协调一致且透明的方法学的必要性，以支持转录组学在化学品安全评估和监管决策中的稳健应用。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.27.728212v1?rss=1
🏷️ 毒理基因组学 转录组学 基准浓度建模 风险评估 生物信息学流程