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特发性肺纤维化（IPF）是一种进展性的间质性肺疾病，其驱动纤维化发生的最早期细胞事件仍未得到充分界定。在本研究中，我们分析了来自三个相互独立且各具特色的早期疾病且肺功能保留患者队列（Florence、NIH、Forli）的肺组织样本，采用整合的多模态方法，结合单核RNA测序、整体转录组学、免疫染色和空间转录组学进行研究。 对通过诊断性支气管镜冷冻活检获取的样本进行单核RNA测序（Florence，n = 22）显示，早期IPF的特征是肺泡上皮组成发生显著转变，表现为AT1和AT2细胞减少，以及异常基底样细胞和肺泡上皮中间态细胞的出现。这些细胞群体现出与上皮可塑性和促纤维化信号相关的转录程序，并与终末期IPF中观察到的细胞状态高度相似。异常基底样细胞和肺泡上皮中间态细胞比例较高与后续疾病进展相关，而AT2细胞丰度则与肺功能保留相关。纤维化性CTHRC1+成纤维细胞在很大程度上局限于晚期疾病，而内皮重塑和炎症性成纤维细胞状态在早期IPF中已清晰可见。空间转录组分析证实，早期肺泡生态位已发生破坏，正常的上皮-毛细血管相互作用被异常上皮细胞和静脉内皮细胞所取代（Forli，n = 24）；上述发现还通过对二十年前经胸腔镜辅助胸腔镜手术获取样本进行单细胞RNA测序得到了重复验证（NIH，n = 9）。综上，这些发现表明，肺泡生态位重塑、其正常组成成分的丧失以及异常基底样细胞的出现是早期IPF的特征，凸显了上皮功能障碍作为早期疾病治疗干预关键潜在靶点的重要性。
肺泡微环境破坏与异常上皮重编程是特发性肺纤维化的早期标志 | bioRxiv
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肺泡微环境破坏与异常上皮重编程是特发性肺纤维化的早期标志
查看 ORCID 个人资料 Aurelien Justet， Venerino Poletti， Cristian Coarfa， Nebal Abu Hussein， Taylor Sterling Adams， Alan Waich， Agshin Balayev， 查看 ORCID 个人资料 Xiting Yan， zhongyu Cai， Farah Moussa， 查看 ORCID 个人资料 Ruben De Man， Johad Khoury， 查看 ORCID 个人资料 Jonas Christian Schupp， Juan Zuluaga， Amy Zhao， Julian Villalba， Farida Ahangari， Scott A Ochsner， Edward Manning， Wendy Introne， Robert Homer， BernadetteGochuico Gochuico， Laurens De Sadeller， Claudia Carducci， Maria E Ruiz Echartea， Chao He， Bart Vanaudenaerde， Wim Wuyts， Claudia Ravaglia， Ivan Rosas， Sara Tomasseti， 查看 ORCID 个人资料 Naftali Kaminski
doi： https://doi.org/10.64898/2026.05.27.727792
Aurelien Justet 1 耶鲁大学医学院； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在保护，并同时依据 CC0 许可对外提供使用。
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发表于 2026 年 5 月 30 日。
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bioRxiv 2026.05.27.727792； doi： https://doi.org/10.64898/2026.05.27.727792
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Aurelien Justet， Venerino Poletti， Cristian Coarfa， Nebal Abu Hussein， Taylor Sterling Adams， Alan Waich， Agshin Balayev， Xiting Yan， zhongyu Cai， Farah Moussa， Ruben De Man， Johad Khoury， Jonas Christian Schupp， Juan Zuluaga， Amy Zhao， Julian Villalba， Farida Ahangari， Scott A Ochsner， Edward Manning， Wendy Introne， Robert Homer， BernadetteGochuico Gochuico， Laurens De Sadeller， Claudia Carducci， Maria E Ruiz Echartea， Chao He， Bart Vanaudenaerde， Wim Wuyts， Claudia Ravaglia， Ivan Rosas， Sara Tomasseti， Naftali Kaminski
bioRxiv 2026.05.27.727792； doi： https://doi.org/10.64898/2026.05.27.727792
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.27.727792v1?rss=1
🏷️ 特发性肺纤维化 肺泡微环境 上皮重编程 单核RNA测序 空间转录组学 异常基底样细胞