基于个体化参考基因组的流程揭示了癌症基因组的全面单倍型分辨图谱

癌症基因组分析依赖于标准人类参考基因组，但在高度重复或个体特异性区域中检测体细胞改变仍然具有挑战性。我们开发了基于个体化参考基因组的癌症基因组分析流程（Personalized Reference genome-based Cancer Genome Analysis Pipeline, PRCGAP）；据我们所知，这是首个在个体化二倍体参考基因组上整合单倍型分辨的体细胞点突变、结构变异、拷贝数和DNA甲基化分析的综合性流程。我们将PRCGAP应用于8对肿瘤-正常细胞系样本以及3例儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）临床样本。PRCGAP检测到了大多数由基于GRCh38和T2T-CHM13参考基因组的流程所鉴定的变异，同时揭示了着丝粒和端粒区域中的变异。基于PRCGAP的输出结果，我们鉴定出标准参考基因组中缺失的L1逆转座源位点，并证明一例B-ALL样本中的IGH::DUX4融合起源于内部D4Z4重复单元内的一个内部DUX4假基因，而非经典的全长DUX4基因。PRCGAP将综合性癌症基因组分析从细胞系拓展到了临床应用场景。

癌症基因组分析依赖于标准人类参考基因组，但在高重复区域或个体特异性区域中检测体细胞改变仍然具有挑战性。我们开发了基于个体化参考基因组的癌症基因组分析流程（Personalized Reference genome-based Cancer Genome Analysis Pipeline, PRCGAP）；据我们所知，这是首个在个体化二倍体参考基因组上整合单倍型解析的体细胞点突变、结构变异、拷贝数和DNA甲基化分析的综合性流程。我们将PRCGAP应用于8对肿瘤-正常细胞系以及3例儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）临床样本。PRCGAP检测到了基于GRCh38和T2T-CHM13的分析流程所识别的大多数变异，同时还发现了位于着丝粒和端粒区域的变异。基于PRCGAP的输出结果，我们鉴定出标准参考基因组中不存在的L1逆转座源位点，并证明一例B-ALL样本中的IGH::DUX4融合起源于内部D4Z4重复单元内的内部DUX4假基因，而非经典的全长DUX4基因。PRCGAP将全面的癌症基因组分析从细胞系拓展到了临床应用场景。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.28.728591v1?rss=1

🏷️ 癌症基因组学 个体化参考基因组 单倍型分辨 体细胞变异检测 结构变异 DNA甲基化