BasalCell：用于生物信息学分析的项目脚手架生成器

在当前的生物信息学格局中，以 R 为中心和以 Python 为中心的生态系统并存且相互交叠，对这些异构开发环境进行有机整合的需求日益增长。随着生物信息学实践的广泛普及，降低生物学家采用软件工程标准的技术门槛至关重要；这些标准包括版本控制、环境可重现性、代码可读性、持续集成/持续部署（CI/CD）以及完善的文档，而对于编程经验有限的生物学家而言，这些方面往往构成了显著的实施障碍。为应对这些挑战，我们开发了 BasalCell（https://github.com/yo-aka-gene/BasalCell），这是一种项目脚手架系统，旨在提供一个标准化、易于复现的模板，默认集成上述关键特性，使研究人员能够无缝管理多语言环境并自动化严格的开发工作流程，最终促进生物数据科学更高水平的透明性与可靠性。

在当前的生物信息学格局中，以 R 为中心和以 Python 为中心的生态系统并存且相互重叠，对这些异构开发环境进行有机整合的需求正不断增长。随着生物信息学实践日益普及，降低生物学家采用软件工程标准的技术门槛至关重要。这些标准包括版本控制、环境可复现性、代码可读性、持续集成/持续部署（CI/CD）以及全面的文档，而对于编程经验有限的生物学家而言，这些标准往往在实施过程中构成显著障碍。为应对这些挑战，我们开发了 BasalCell（https://github.com/yo-aka-gene/BasalCell），这是一个项目脚手架系统，旨在提供一个标准化且易于复现的模板，默认集成上述关键特性，使研究人员能够无缝管理多语言环境并自动化严格的开发工作流程，最终促进生物数据科学更高水平的透明性与可靠性。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.27.720396v1?rss=1

🏷️ 生物信息学 项目脚手架 可重复性 多语言环境 CI/CD 软件工程