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空间组学档案中碎片化的元数据使大量多模态分子—组织学数据成为不可访问的“暗数据”。在此，我们提出 SpatialDataAgent，这是一种用于空间组学数据自主整理的智能体工作流，将受模式约束的证据评估与自我迭代优化的标准化智能体相结合。应用于 GEO 近十年的记录时，SpatialDataAgent 识别出 769 个配对的 H&E–空间转录组学（ST）数据集，相较于现有人工整理基线实现了 6.4 倍规模扩展。在基准测试窗口内，该框架使高置信度（A 类）配对数据集数量提升了 141%，并对其进行自动筛选与组装，建立了 HESRT（一个包含 2920 万个 spot/细胞的数据湖），为基于证据的多模态生物医学档案自主整理建立了范式。
1 复旦大学上海医学院，华山医院神经内科和国家神经疾病医学中心，医学神经生物学国家重点实验室，教育部脑科学前沿中心，上海，20004；
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发布于 2026 年 5 月 30 日。 下载 PDF 电子邮件
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Jia-Hao Ji ，Qi Zou ，Jiabei Cheng ，Zixi She ，Yining Hao ，Weishi Liu ，Daoliang Zhang ，Zhikang Wang ，Jin-Tai Yu ，Zhiyuan Yuan
bioRxiv 2026.05.27.727615； doi： https://doi.org/10.64898/2026.05.27.727615
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Jia-Hao Ji ，Qi Zou ，Jiabei Cheng ，Zixi She ，Yining Hao ，Weishi Liu ，Daoliang Zhang ，Zhikang Wang ，Jin-Tai Yu ，Zhiyuan Yuan
bioRxiv 2026.05.27.727615； doi： https://doi.org/10.64898/2026.05.27.727615
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