使用大语言模型面向工程生物学知识图谱的本体驱动软件工程

大型语言模型已经改变了软件工程实践。然而，所生成的产物并不总是对开发者友好，且对于复杂需求的满足往往仅是部分性的。随着工程生物学中对工具标准化、集成与开发的需求不断增长，亟需新的方法，以可持续的方式创建和维护直观的软件。在此，我们提出了一种由本体驱动、结合大型语言模型来为知识图谱创建面向用户的软件库的方法。 我们提出了一个“本体到语言”的框架，用于系统地映射领域术语和图结构。随后，我们通过为最新的合成生物学开放语言标准创建本体，并生成 sbol-script 软件库，对该方法进行了展示。该软件库可在浏览器中使用，也可用于开发原生支持 Web 的应用程序。这种由本体驱动的软件工程方法及其相关资源对社区至关重要，并有助于促进可持续软件项目的开发。SBOL3 Ontology 和 sbol-script 库可分别从 https://github.com/SynBioDex/sbol-owl3 和 https://github.com/SynBioDex/sbol-script 获取。

大型语言模型已经改变了软件工程实践。然而，生成的产物并不总是对开发者友好，且可能只能部分满足复杂需求。随着工程生物学领域对工具标准化、集成与开发的需求不断增加，亟需采用新的方法，以可持续的方式创建和维护直观的软件。在此，我们提出了一种利用大型语言模型为知识图谱创建面向用户的软件库的本体驱动方法。我们引入了一个“本体到语言”框架，用于系统地映射领域术语和图结构。随后，我们通过为最新的合成生物学开放语言标准创建本体，并生成 sbol-script 软件库来展示该方法；该软件库既可在浏览器中使用，也可用于开发具有原生 Web 支持的应用程序。这种本体驱动的软件工程方法及其相关资源对于该领域社区至关重要，并有助于促进可持续软件项目的开发。SBOL3 Ontology 和 sbol-script 库可分别从 https://github.com/SynBioDex/sbol-owl3 和 https://github.com/SynBioDex/sbol-script 获取。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.05.29.728869v1?rss=1

🏷️ 大语言模型 知识图谱 本体驱动 软件工程 合成生物学 SBOL