坏死营养型真菌Parastagonospora nodorum是小麦叶点壳斑病（septoria nodorum blotch，SNB）的病原菌。为确定当代美国硬质冬小麦（hard winter wheat，HWW）中SNB敏感性基因的流行情况，我们使用5个P. nodorum分离物和5种坏死营养效应子（necrotrophic effectors，NEs）——SnToxA、SnTox1、SnTox3、SnTox267和SnTox5——对由619份育种系和栽培品种组成的材料群体进行了评价，并利用基于测序的基因分型（genotyping-by-sequencing，GBS）标记以及针对敏感性基因Tsn1-B1、Snn1-B1和Snn3-B1/B2的诊断性竞争性等位基因特异性PCR（Kompetetive-allele specific PCR，KASP）标记对该群体进行了基因分型。GBS分析鉴定出34,357个GBS单核苷酸多态性（SNP）标记。针对P. nodorum分离物的评价表明，该群体中有40%–67%的基因型表现为感病。毒素浸润测定表明，分别有54%、2%、37%、13%和15%的基因型对SnToxA、SnTox1、SnTox3、SnTox267和SnTox5敏感。针对Tsn1-B1、Snn1-B1和Snn3-B1/B2的诊断性KASP标记对其对应效应子SnToxA、SnTox1和SnTox3的预测准确率分别为98%、75%和92%。全基因组关联分析（GWAS）不仅证实了先前已表征的敏感性基因Tsn1-B1、Snn1-B1、Snn2、Snn3-B1/B2和Snn5-B1的存在，还鉴定出与对P. nodorum分离物及NEs响应相关的新位点。其中，位于2AS染色体上的Qsnb.osu-2AS与对全部5个分离物的响应相关。我们开发了分别与Snn5-B1、Snn2和Qsnb.osu-2AS连锁的KASP标记KASP_S4B_643615365、KASP_S2D_16184991和KASP_S2A_9833162。这些发现可为硬质冬小麦叶点壳斑病抗性的育种提供指导。
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