基于双竞争挂锁探针改进RNA SNP检测特异性的方法

目的 RNA的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism， SNP）与多种疾病和药物反应相关的蛋白质表达有关，因此对其检测具有重要意义。目前，splintR连接酶辅助方法是RNA直接检测的重要方法，但当连接酶的保真度不理想时，该方法的特异性将受到限制。本研究的目的是创建一种提高splintR连接酶检测RNA特异性的方法。方法 本研究提出了一种双竞争挂锁探针（dual-competitive-padlock-probe，DCPLP）检测方法，不需要额外的酶或反应，可提高splintR连接酶的特异性。为了验证该方法，采用双竞争挂锁探针介导的滚环扩增（rolling circle amplification，RCA）对CYP2C9基因进行RNA SNP基因分型。结果 通过双挂锁探针的竞争和链替换，SNP检测的特异性得到了很好的提高，非特异性信号降低了83.26%。通过引入合成RNA样品，实现了10 pmol/L~1 nmol/L的动态检测范围。并将临床样本应用于该方法进行性能评价，结果与qPCR方法的基因分型结果一致。结论 本研究成功建立了一种高特异性的RNA SNP直接检测方法，为准确鉴定各类RNA提供了新的途径。