整合受体调控基因表达信息构建细胞通信网络

目的 构建细胞通信网络有助于揭示细胞间协同工作机制、生物学过程和疾病发病机理。目前基于配体-受体相互作用构建细胞通信网络的方法大多只考虑配体和受体的表达信息，忽略了受体对其调控基因的信号传递影响，导致构建的细胞通信网络可靠性较低。鉴于此，本文提出IRRG算法，旨在构建更为准确的细胞通信网络，并挖掘具有生物学意义的细胞通信模式。方法 本文提出了一种整合受体调控基因表达信息构建细胞通信网络的方法（命名为IRRG）。该方法通过随机游走方式计算受体对下游基因的影响得分，进而与配体-受体共表达量结合构建细胞通信网络。结果 使用IRRG构建了小鼠滤泡间表皮（IFE）细胞通信网络并分析了配体-受体对的生物学意义，验证了IRRG计算受体影响得分的稳定性和细胞通信网络构建的可靠性。此外，使用IRRG构建了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的细胞通信网络，挖掘并分析其肿瘤微环境细胞通信模式。结论 IRRG可以构建富有生物学意义并且可靠的细胞通信网络，帮助人们从细胞通信的角度更深入地了解多种生物过程。IRRG算法代码可从GitHub获取：https://github.com/NWPU-903PR/IRRG。